A priorizálás második szakaszában a prioritások rövid listájának („short list”) szakmai validációja az ún. stakeholder-konzultáción a hazai érintett érdekeltek bevonásával valósult meg. A konzultáció során az érdekeltek a stratégia összefoglalója alapján kérdőíves formában véleményezték a dokumentumot a feljogosító kritérium megvalósítási feltételeinek figyelembevételével, különös tekintettel a kialakult hazai intelligens szakosodási prioritásokra. A priorizálás első fázisában kiválasztott prioritások szakmai egyeztetése kulcsfontosságú lépés különösen azokon a szakpolitikai területeken és azokkal az érintettekkel, akik és amelyek szorosan illeszkednek az S3 folyamataihoz, és nagyban hozzájárulnak az S3 céljainak megvalósításához.

Az NKFI Hivatal összesen 106 szervezetnek küldte el a kérdőívet, amelyek a „quadruple helix” valamennyi jelentős szereplőjét képviselték. A szakmai validációban a kohéziós politika „Intelligensebb Európa az innováció és a gazdasági átalakulás, modernizáció támogatásával” szakpolitikai célkitűzéséhez (PO1) kapcsolódó szervezetek is részt vettek, a kérdőívet a digitalizáció és a vállalkozásfejlesztés szakterület horizontális szervezetei is megkapták, illetve a Vállalkozásfejlesztési Tanács minden tagjának lehetősége volt a véleményezésre. A szakmai validációban elsősorban regionális vagy országos hatókörű szakmai szövetségek, ernyőszervezetek és szektorális érdekvédelmi horizontális szervezetek vettek részt. A vállalkozói tényfeltárás (Entrepreneurial Discovery Process, EDP) korábbi szakasza bottom-up jellegű volt, vagyis hatókörtől függetlenül bármilyen típusú szervezetnek lehetősége volt részt venni az EDP folyamatában az S3 kérdőív kitöltésével.

A validáció során összesen 147 válasz érkezett. A kérdőívben a kitöltőknek a korábbi szakaszokban meghatározott prioritások rangsorolására volt lehetőségük. Az S3 validálása során a rangsorolás célja annak mérlegelése volt, hogy valóban megfelelőek-e a prioritások az ország innovációs képességének az erősítéséhez. Ha egy-egy prioritásnak a többihez képest nagyon alacsony a súlya, akkor felmerül a kérdés, esetében valóban egy Magyarország számára releváns területről, ágazatról van-e szó. A válaszok alapján ilyen kirívó prioritás nincs: egyrészt nem volt nagyon kiugró különbség a prioritások rangsorolásának százalékos megoszlásában, másrészt egyik prioritás sem kapott szembeötlően alacsony értéket. A prioritások rangsorolása mellett a súlyozásuk megmutatta, melyik mennyire képes hozzájárulni a gazdaság versenyképességének a növeléséhez. Az erre a kérdésre adott válaszok megerősítették a rangsorolás eredményét.

A válaszok eredményének összesítése nyomán elmondható, hogy egyik prioritás sem ért el se kiugróan magas, se kiugróan alacsony értéket. Az eredményből látható volt, hogy eltérő mértékben, de mind hozzájárul Magyarország innovációs képességének az erősítéséhez, és egyik irányt, fókuszterületet sem kellett önállóan kiemelni mint legfontosabb fejlesztési irányt. A kiválasztott prioritások listája a validáció során ennek megfelelően nem változott.

A szakmai validációt követte a közigazgatási egyeztetés, azaz a kormányzati validáció, amelyben az ágazati szakpolitikai tervezés résztvevői véleményezték a kialakított prioritáslistát és a kapcsolódó elsődleges célcsoport meghatározását. A kormányzati validáció során a prioritások listája és struktúrája nem módosult, azonban a tartalmukban történt pontosítás, kiegészítés a kormányzati elfogadás előtt. A validálás lezárását követően rögzítették a nemzetgazdasági és horizontális prioritásokat.